Magyarország  17. századi helyzetét az országnak az előző században történt három részre szakadása határozta meg.  A három országrész (Királyi Magyarország, Erdélyi Fejedelemség, Török Hódoltság) határai azonban nem voltak állandóak, a század folyamán többször is változtak. A Habsburg-uralkodó megpróbálta kiűzni a törököket Magyarországról, mely 15 éves háború néven vonult be a történelembe (1591-1606). A Habsburg Birodalom oldalán egy ideig az Erdélyi Fejedelemség is részt vett a csatározásban.  A hosszan elhúzódó háborúban nem sikerült a törököket kiűzni, sőt több végvár is elesett, mely jelentősen megroppantotta a határvédelmet. 

A háborúskodás hatalmas adóterhet rótt a Királyi Magyarországra. A helyzetet súlyosbította az is, hogy a Habsburgok ekkor léptek fel a reformáció ellen. A hadsereg fenntartására a Habsburg fennhatóság alatt álló területek jövedelme nem volt elég a végvári katonák zsoldjának kifizetésére. A háború végére a királyi kincstár teljesen kimerült, félő volt, hogy a fizetetlen zsoldos hadseregek fellázadnak. Ezt elkerülendő I. Rudolf német-római császár (1576-1612) felségsértési perekkel kobozta el a protestáns magyar főurak birtokait, így próbálta a zsoldot kifizetni.  Ezen ürüggyel Bocskai István birtokát is megtámadták a Habsburg-uralkodó csapatai, azonban a hajdúk a nagybirtokos oldalára állva vereséget mértek rájuk (Bocskai-felkelés 1604-1606; bécsi béke 1606). A békével Bocskai biztosította a magyar rendi jogokat, Erdély részleges függetlenségét és a protestáns vallás szabad gyakorlatát. Ezt követően Bocskai Istvánt Erdély fejedelmévé választották.

Bocskai a hajdúk zömét kiemelte a földesúri fennhatóság alól, és közösségi kiváltságokkal, katonáskodási kötelezettséggel letelepítette őket a hajdúvárosokban, ezzel biztosítva Erdély számára a szükséges katonai erőt.

A Habsburg-ház Bocskai István közvetítésével kötötte meg a törökökkel a zsitvatoroki békét (1606), ezzel befejeződött a 15 éves háború. A békeszerződés 20 évre szólt, rögzítette az adott időben birtokolt területek megtartását, a határvidék kölcsönös elfogadását, valamint megtiltotta új várak építését.